南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。2015年9月，获准成为首批教育部、国家卫生计生委与省政府共建医学院校。
学校设有19个学院（包含康达学院）。拥有24所附属医院和50多所教学医院。学校校本部现有在职教职工1700多人，其中学校编制专任教师884人。有教授215人、副教授305人，有博士生导师407人、硕士生导师1616人。学校现有中国工程院院士1名，美国国家医学院外籍院士1名，“长江学者奖励计划”特聘教授3名、青年学者2名，国家“万人计划”百千万工程领军人才1人，国家“万人计划”科技创新领军人才3人，国家“万人计划”青年拔尖人才2人，国家百千万人才工程7人，国家杰出青年科学基金获得者9人，优秀青年基金获得者12人，国家级教学名师1人，全国优秀教师1人，江苏特聘教授32人，“国家级教学团队”3个，教育部“创新团队”1个。
学校现有一级学科博士学位授权点8个（生物学、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学）、二级学科博士学位授权点54个、3个交叉学科博士学位授权点（临床医学工程、人文医学、健康政策管理）；一级学科硕士学位授权点12个、二级学科硕士学位授权点67个；博士后科研流动站7个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类；拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、29个国家临床重点专科、2个江苏省一级学科重点学科、3个江苏省一级学科重点培育学科。在全国第四轮学科评估中，我校公共卫生与预防医学在全国54所参评高校中获评A+等级。临床医学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、药理学和毒理学、免疫学、社会科学总论7个学科进入ESI全球排名前1%，其中，临床医学学科进入ESI全球排名前1‰。基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学等6个学科立项为江苏高校优势学科建设工程三期项目。
学校设有26个本科专业和3个“5+3”本硕一体化专业。目前，在校生总数为1.7万多人，已形成从本科生、研究生到博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的教育体系。
学校现有1个国家重点实验室、1个国家级国际联合研究中心、4个部级重点实验室、20个省级重点实验室（工程中心）、2个省级协同创新中心。拥有国内一流的医学模拟教育中心（MSC）和自主学习中心以及国内知名、省内一流的江苏省医药动物实验基地，建有江苏省唯一的省级卫生政策智库健康江苏研究院以及省内唯一的转化医学研究机构江苏省转化医学研究院。
“十二五”以来，学校科研水平不断提升，获得国家重点研发计划项目(课题)，国家自然科学基金重点、重大项目，创新研究群体项目等国家级重大科研项目近百项。获得国家自然科学奖等国家级成果奖5项，发表SCI论文11606篇，论文数量及论文影响因子均呈显著增长。2018年，我校获得295项国家自然科学基金项目资助，项目数位居独立设置医科大学第1位。连续多年被评为“江苏省科技工作先进高校”。
学校现已建成5门国家级精品课程，4门国家级精品资源共享课，有5个国家级特色专业、5个省级特色专业、4个省级品牌专业、2个国家级双语教学示范课程；建成2个国家级实验教学示范中心、1个国家级虚拟仿真实验教学中心、12个省级实验教学示范中心、19个中央和地方财政共建高校教学实验室、有1个国家级人才培养模式创新试验区。主编6部国家“十二五”规划教材。学校通过教育部临床医学专业认证，得到8年最长认证周期。学校的招生和就业工作受到社会各界的好评，就业率始终保持在95%以上，多次被评为“江苏省毕业生就业工作先进集体”。
学校建有江宁校区、五台校区以及康达学院连云港校区。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1300亩，是行政、教学和科研中心。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是临床教学和研究中心。学校馆藏图书文献资料丰富，拥有中文（外文）纸质图书、电子图书、全文电子期刊共一千多万册，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。学校主办有11种学术期刊。
近年来，学校广泛开展对外交流活动，积极与国内外的高等院校建立形式多样的联系与合作。学校与美国、加拿大、澳大利亚、瑞典、日本、台湾、香港等国家和地区的医学院校或科研机构建立了双边合作、学术交流关系。学校于2002年恢复招收留学生和港澳台学生，现有在校留学生和港澳台学生800多人。
进入“十三五”，全校师生医护员工凝心聚力、统筹施策、开拓创新、改革攻坚，全面启动实施“十三五”发展规划，努力把学校建成国际知名、特色鲜明的高水平研究型医科大学。
